İstanbul Üniversitesi Arkeoloji Bölümü, Türkiye’de kurulan ilk iki bölümden biridir.Kurulduğu ilk yıllardan itibaren, eğitimin yanı sıra arazi çalışmalarıyla arkeolojik bilgi üretimine büyük katkı sunmuş, arkeolojik mirasın açığa çıkarılıp anlaşılarak korunmasına öncülük etmiştir.
Arkeoloji Bölümü, Türkiye’ de çağdaş ve bilimsel arkeolojinin gelişiminde etkili olmakta; İnsan ve kültürünü teknolojik, ekonomik, sosyal ve kültürel açıdan çeşitli yönleriyle ele alan araştırmalar yapmaktadır. Arkeolojik araştırmalar, insanlığın geçmişini bütüncül bir şekilde sunacak bilgi birikiminin yanı sıra kapsamlı arkeolojik malzeme koleksiyonlarının oluşmasını sağlamıştır. Anabilim dalı bünyelerindeki koleksiyonların kapsamı, arazi çalışmaları kadar, iş birliği yapılan kurumların katkı ve bağışlarıyla gelişmiştir. Arkeoloji Müzesi’nin içeriğini de bu koleksiyonlar oluşturmaktadır.
Müze koleksiyonunun ana kaynağını, Halet Çambel tarafından kurulan “Prehistorya Anabilim Dalı Koleksiyonu” oluşturmaktadır. Çekirdeği, 1940’lı yıllarda Ankara Müzesi’nden bağış olarak alınan ve o dönemde Alişar, Alacahöyük, Yumuktepe, Tarsus Gözlükule ile Van Kalesi gibi önemli yerlerden gelen tabakalanmış kazı örneklemeleriyle oluşturulan bu koleksiyon, sonrasında Boğazköy, Hacılar , Phrigya ile Hasköy kazılarında açığa çıkarılarak yayınlanan, ancak müzelerin almak istemediği çanak çömlek parçalarıyla zenginleştirilmiştir.